Факультативные анаэробы (факультативно анаэробные организмы) — организмы, конечно бактерии или археи, производящих АТФ с помощью аэробного дыхания когда кислород присутствует, но также способны к переключению на анаэробное дыхание. В отличие от них, облигатные анаэробы не могут расти и умирают при наличии кислорода. Некоторыми примерами факультативных анаэробов является Staphylococcus, Corynebacterium и Listeria (грамм-положительные бактерии). Организмы в царстве грибов также могут быть факультативным анаэробами, например дрожжи.

Факторы, влияющие переключение типа дыхания — концентрации кислорода и удобного для анаэробного дыхания материала в окружении. В пивных дрожжах, так называемый пастеровский смещение (прекращение потребления кислорода) наблюдается при добавлении большого количества сахара. В культуре, растет, «экономика» дыхание предпочитает использовать анаэробное дыхание при наличии источника энергии аэробной из-за высоких «накладные расходы» создание аппарата аэробного дыхания, даже хотя выход энергии на моль потребленных веществ и выше. Исключение аэробного дыхания быстрее, чем обратный процесс, потому что в культуре, которая росла в течение нескольких поколений через анаэробное дыхание займет время, чтобы создать митохондрии.