Нейтральная мутация (англ. Neutral mutation) (лат. Neutralis — никому не принадлежит) (лат. mutatio) — изменение) — мутация, при которой происходит изменение в гене, которая не отражается на жизнеспособности организма (цвет глаз, группа крови). Считается, что чем дольше осуществляется независимая эволюция видов, тем более нейтральных мутаций успеет закрепиться. Их накопление оказывается своего рода молекулярным часам, по которому можно оценить время независимой эволюции видов и построить филогенетическое дерево.

Нейтральные мутации важные по следующим причинам:

Во-первых, следует понимать, что нейтральная мутация, которая появилась в одном организме, может исчезнуть в следующем поколении, а может и наоборот стать более распространенной, просто по случайности. Со временем эти случайные флуктуации приводят к тому, что некоторые нейтральные мутации распространяются на 100% популяции. (Кстати, это происходит постоянно во всех видах и служит базой для принципа "молекулярных часов", которые используются для того, чтобы оценить насколько давно в истории разделились две группы организмов). Этот факт означает, что виды постоянно меняются. Как бы хорошо ни был вид приспособлен к окружающей среде, он все равно будет продолжать эволюционировать и изменяться через фиксирование нейтральных мутаций. Поскольку этот процесс идет постоянно, а положительный естественный отбор происходит только, когда условия среды изменяются, то исторически большая часть эволюционных изменений вызывается именно нейтральными мутациями.

Во-вторых, из существования "почти нейтральных мутаций" следует, что вид никогда не может быть идеально приспособлен к окружающей среде. Всегда будут существовать положительные мутации, эффект которых слишком мал для того, чтобы они поддерживались отбором и всегда будут отрицательные мутации, эффект которых слишком мал, чтобы отбор их отсеивал.

В-третьих, и это важный момент тоже далеко не всегда объясняют при начальном изучении теории эволюции, существование и распространение нейтральных мутаций означает, что в популяциях всегда (за исключением очень маленьких популяций с высокой инбридингом) существует генетическое разнообразие. Если условия существования вида стабильны, то это разнообразие нейтральное, но если условия меняются, то именно существующая разнообразие вида служит материалом для естественного отбора. Варианты, которые ранее были нейтральными или почти нейтральными, в новых условиях могут стать положительными и отрицательными. Очень часто порядок этих событий описывается неправильно: "условия меняются> возникают мутации> идет отбор".