Однонуклеотидный полиморфизм (англ. Single nucleotide polymorphism, SNP) — гетерогенность первичной структуры ДНК, проявляющаяся в однонуклеотидных (точечных) различиях аллелей и встречается относительно часто в популяции (порогового значения частоты обычно принимают 1%). Например, две последовательности ДНК разных людей — AAGC C TA и AAGC T TA — отличаются на один нуклеотид. В таком случае говорят о существовании двух аллелей: C и T.

SNP используются в качестве молекулярно-генетических маркеров (вместе с ПДРФ (RFLP) и ПДАФ (AFLP)).

Изучение SNP широко используется в молекулярной систематике — построении биологической систематики на основе дивергенции гомологичных участков ДНК в филогенезе. В данной области чаще всего используются спейсеры генов рибосомной РНК. Учитывая то, что мутации в данных спейсер не сказываются на структуре конечных продуктов гена (теоретически они не влияют на жизнеспособность), в первом приближении обычно постулируется прямая зависимость между степенью полиморфизма и расстоянием филогенеза между организмами.