Вторичные метаболиты — органические соединения, которые непосредственно не вовлечены в роста, развития или размножения клеток организма в нормальном состоянии. В отличие от первичных метаболитов, отсутствие вторичного метаболита приводит не к внезапной смерти, а только к длительному ухудшению жизнедеятельности или плодовитости организма, или возможно не приводит к каким-либо заметных изменений. Синтез определенных вторичных метаболитов часто ограничивается узким набором видов в пределах филогенетического группы.