Геномный фингерпринтинг — комплекс молекулярно-генетических методов на основе полимеразной цепной реакции, представлен широким спектром методов анализа прокариот, которые заключаются в амплификации различных последовательностей бактериального генома.

Генетический анализ отдельных микроорганизмов и их природных ассоциаций может проводиться с использованием для амплификации праймеров, специфичных к последовательностям определенных микроорганизмов или универсальных праймеров, с помощью которых создается множество ДНК-ампликонов, происходящих от различных бактерий. Эти ампликонов называют геномными фингерпринтамы, а сам метод — геномным фингерпринтингом. Фингерпринты отдельных бактерий или бактериальных ассоциаций разделяют с помощью различных методик.

Для получения фингерпринту используют в основном три метода: AP-ПЦР / RAPD, амплификация ДНК-повторов и AFLP-анализ.