Метаболиты (от греч. Μεταβολίτης, metabolítes) — вещества, образующиеся в клетках, тканях и органах живых организмов в процессе промежуточного обмена. Они участвуют в дальнейших процессах ассимиляции и диссимиляции. В физиологии и медицине метаболитами обычно называют продукты клеточного обмена, подлежащих расписания и удалению из организма. Попадая в кровь большинство метаболитов участвует в гуморальной регуляции функций, путем осуществления специфического и неспецифического влияния на биохимические и физиологические функции.

В микробиологии различают первичные и вторичные метаболиты. Первичные — низкомолекулярные вещества, необходимые для роста микроорганизмов в качестве мономеров для макромолекул и коферментов (аминокислоты, витамины, органические кислоты, сахара). Такие соединения организм может синтезировать сам, а если это невозможно, он должен получать их в достаточных количествах с внешней среды. Вторичные — это соединения, которые не нужны для роста микроорганизмов, но выделяемые ими во внешнюю среду (антибиотики, токсины, алкалоиды, гормоны). Способность микроорганизмов выделять в больших количествах вторичные метаболиты используется в биотехнологии для получения ценных веществ (антибиотиков, ферментов, биогаза и т.д.).