Молекулярная филогенетика или молекулярная систематика — отрасль филогенетики (и, в свою очередь, систематики), использующий методы молекулярной биологии. Для систематической классификации организмов, устанавливаются последовательности их эволюционные отношения, используя их ДНК, РНК и белков. Конечно в молекулярной филогенетике используются кладистични методы. Эти методы помогают объективно определяя важность особенностей или определенных генов в оценке эволюционных гипотез. С молекулярной филогенетики тесно связаны такие отрасли как биоинформатика, молекулярная генетика и молекулярная эволюция. С середины 1990-х годов молекулярная филогенетика значительно изменила классификацию многих групп организмов.