Нуклеоморф — небольшой уменьшенное эукариотических ядро, найденное в пластидах некоторых организмов. Сейчас известны только две группы организмов, содержащих нуклеоморф: криптомонады и хлорарахниофиты. Наличие нуклеоморфу подтверждает симбиогенез и является свидетельством, что пластиды этих организмов является «сложными», то есть полученными в результате эндосимбиоза. Исследования генетической организации и молекулярной филогении показали, что нуклеоморф криптомонад когда был ядром красных водорослей, а нуклеоморф хлорарахниофитив — зеленых водорослей. В обоих случаях пластиды были захвачены как свободноживущие фотосинтезирующие эукариоты. После захвата, ядро ​​пластиды были уменьшенное, а значительное количество генов перенесена в ядро ​​клетки-хозяина (пластиды обеих групп организмов содержат лишь по 3 хромосомы).

В результате клетки этих организмов имеют по четыре геномы: два бактериальных (митохондрий и пластид зеленых / красных водорослей) и два эукариотических (ядерный геном и геном нуклеоморфу).