Перетасовки экзонов — это молекулярный механизм формирования новых генов. Это процесс, с помощью которого два или более экзоны из разных генов могут быть объединены эктопическим (в ненормальном положении или в необычный способ) или экзон может быть повторен для того чтобы создать новую экзон-интронная структуру.

Существуют различные механизмы, с помощью которых происходит перетасовка экзонов: транспозон-опосредованное перетасовки, кроссинговер во время половой рекомбинации родительских геномов и неправильная рекомбинация (англ. Illegitimate recombination).

Этот процесс имеет определенные правила:

  • Интроны могут встраиваться: между двух последовательных кодонов (интроны нулевой фазы) и таким образом прервать рамку считывания гена;
  • между первым и вторым нуклеотидом в кодоне (интроны первой фазы),
  • или между вторым и третьим нуклеотидом в кодоне (интроны второй фазы).

К тому же экзоны могут быть классифицированы на девять различных групп в зависимости от фазы фланкирующих интронов (симметричные: 0-0, 1-1, 2-2 и асимметричные: 0-2, 1-0, 1-2 и т. д.). Симметричными являются только те экзоны, которые могут быть вставлены в интроны, пройти дублирование или удалены без смещения рамки считывания.