П

Полиморфизм конформации однониточной ДНК

Метод полиморфизма конформации однониточной ДНК или SSCP (Single strand conformation polymorphism) — это молекулярно-генетический метод, широко используют для анализа мутаций в определенных нуклеотидных последовательностях человека, но также он применяется для анализа как отдельных микроорганизмов, так и бактериальных ассоциаций.

Суть этого подхода заключается в ПЦР амплификации фрагментов (около 400 п. О.) Бактериальной 16S рДНК с универсальными праймерами, один из которых фосфорилированный на 5'-конце. Фосфорилированный цепь ПЦР продукта переваривается лямбда экзонуклеаза, а одноцепочечной ДНК, осталась, разделяют в полиакриламидном гелях, добавляя в буфер для нанесения проб формамид, который предотвращает соединению цепей и образованию гетеродуплексив. Во время электрофореза в неденатуруючих условиях однониточная ДНК формирует вторичные структуры (конформации) в соответствии с ее нуклеотидной последовательности и физических и химических условий среды (температуры и ионной силы).

Фрагменты различной конформации, но одинакового размера имеют разную электрофоретических подвижность и могут разделяться в полиакриламидном гелях без денатуруючихградиентив. Хотя возможно наличие нескольких линий для одного микроорганизма, имеет несколько различных рРНК оперонов, и близка электрофоретическая подвижность ПЦР продуктов различных бактерий, этот подход позволяет различать между собой до десятка различных штаммов, а также выявлять отдельные штаммы в искусственно созданных смесях и анализировать ризосферные ассоциации разных растений.

Показать больше

Похожие статьи

Добавить комментарий

Проверьте также
Закрыть
Кнопка «Наверх»
Закрыть
Закрыть